De bouwstenen voor de eindrapportage van de commissie werden gedurende het gehele onderzoek aangeleverd. Uiteindelijk heeft de commissie over een overweldigende hoeveelheid informatie kunnen beschikken, zoals: de gegevens van de Werkgroep vooronderzoek opsporingsmethoden; verzamelde literatuur, jurisprudentie en documenten; gegevens uit interviews; rapporten van interne stafonderzoeken; rapporten van de externe onderzoeken; gegevens op basis van binnen- en buitenlandse werkbezoeken, stages en presentaties; gegevens uit de gesprekken; de verslagen van de openbare verhoren.
In maart 1995 was een voorstel voor de opzet van de eindrapportage in hoofdlijnen gereed. Deze werd in de daarop volgende maanden aangepast en aangevuld. In augustus werd de definitieve opzet vastgesteld. Tevens besloot de commissie redactiegroepen te vormen. Deze redactiegroepen, bestaande uit leden van de staf, waren verantwoordelijk voor het schrijven en redigeren van de afzonderlijke deelrapporten, die aan de commissie zouden worden voorgelegd. Aan elk deelrapport werden tevens commissieleden gekoppeld die als aanspreekpunten voor de staf fungeerden. Voorts werd besloten de leden van de verhoorgroep na de verhoren te betrekken bij de correcties van de deelrapporten. Deze stafleden dienden in ieder geval passages uit de verhoren aan te geven die in het eindrapport en de deelrapporten konden worden geciteerd. De rapportage van de commissie bestaat uit het eindrapport en tien deelrapporten, die als bijlagen worden gepubliceerd:
1 Eindrapport
2 Bijlage 1. Werkwijze en procedures
3 Bijlage 2. Verhoren
4 Bijlage 3. Verhoren
5 Bijlage 4. Opsporingsmethoden
7 Bijlage 5. Opsporingsorganisaties en inlichtingendiensten
8 Bijlage 6. Eindrapport onderzoeksgroep-Fijnaut
9 Bijlage 7. Deelonderzoek I onderzoeksgroep-Fijnaut
10 Bijlage 8. Deelonderzoeken II onderzoeksgroep-Fijnaut
11 Bijlage 9. Deelonderzoeken III onderzoeksgroep-Fijnaut
12 Bijlage 10. Deelonderzoek IV onderzoeksgroep-Fijnaut
Het eindrapport wil een omvattend beeld geven van de onderwerpen die de enqutecommissie heeft
onderzocht. De bevindingen, beoordelingen en voorstellen tot normering van de kant van de commissie
worden daarin weergegeven. Het eindrapport wordt afgesloten met conclusies en aanbevelingen.
In bijlage 1 wordt uitgebreid ingegaan op de werkwijze en procedures van de commissie. Bijlagen 2 en 3
bevatten de woordelijke verslagen van de openbare verhoren. In bijlagen 4 en 5 zijn de bevindingen van de
interne onderzoeken te vinden. De resultaten van de thema-onderzoeken zijn in beide bijlagen verwerkt.
Bijlage 6 bevat het eindrapport van de onderzoeksgroep-Fijnaut. In de bijlagen 7 tot en met 10 zijn de
bevindingen van de verschillende deelonderzoeken van de onderzoeksgroep-Fijnaut opgenomen.