Het archief van de commissie bestaat uit het archief van de onderzoeksgroep-Fijnaut en het archief van de commissie. Het archief-Fijnaut is, conform de afspraken met de ministers van Justitie en Binnenlandse Zaken, ondergebracht bij de Centrale recherche informatiedienst. De stukken die de commissie zelf heeft verzameld, bevinden zich in de ruimten van de enqutecommissie in het gebouw van de Eerste Kamer. De enqutecommissie heeft in de loop van haar onderzoek zeer veel documenten verzameld. Het archief bestaat uit documenten verkregen op grond van artikel 3 van de Wet op de Parlementaire Enqute, spontaan toegestuurde stukken en de door haar zelf geproduceerde stukken. Daarnaast beschikt de commissie over een bibliotheek, bestaande uit onder meer wetenschappelijke literatuur, jurisprudentie, beleidsrapporten en officile publicaties.
Het archief werd door de documentalisten opgebouwd, gecatalogiseerd en toegankelijk gemaakt met behulp van een data-base softwarepakket. Het beheer van het archief is in handen van de griffier en de documentalisten.
Alle post van en naar politie, justitie en ministeries alsmede alle door de leden van de commissie en de staf geproduceerde stukken, zoals notities, rapportages, agenda's, convocaties, besluitenlijsten en dergelijke, kregen een zogenaamd CvT-nummer (Commissie Van Traa-nummer). De verslagen van interviews, de uitnodigingen voor informele gesprekken en voor verhoren, de stenogrammen van de informele gesprekken en de verhoren als ook de publieksbrieven kregen eigen nummers.
De commissie kende drie categorien stukken: geheim, intern en openbaar. De documentalisten beoordeelden
in overleg met de griffier welke classificatie van toepassing was.
De geheime stukken werden in een kluis bewaard en konden alleen worden ingezien in de stafruimte van de
commissie. Deze stukken mochten die ruimte niet verlaten. Van sommige geheime stukken mochten alleen de
voorzitter en de ondervoorzitter van de commissie kennisnemen. Interne stukken bestonden uit stukken ten
behoeve van de commissie en haar staf. Zij werden in afgesloten kasten bewaard. De openbare stukken waren
openbaar en konden vrijelijk worden meegenomen.
Deze onderverdeling was onderdeel van het veiligheidsplan dat betrekking had op de beveiliging van documenten. Derhalve is deze classificatie niet doorslaggevend voor de vraag welke stukken na de beindiging van het onderzoek openbaar kunnen worden gemaakt en welke geheim moeten blijven. Tegen het einde van haar onderzoek moest de commissie zich buigen over het archief, inclusief dat van de onderzoeksgroep-Fijnaut. Artikel 29a van de Wet op de Parlementaire Enqute bepaalt dat na de beindiging van het onderzoek van een enqutecommissie de Kamer besluit dat de processen-verbaal en de overige bescheiden van het onderzoek worden vernietigd, dan wel gedurende een door haar te bepalen periode worden bewaard in het archief van de Kamer of in het Rijksarchief. Bescheiden en aantekeningen, die ingevolge een besluit van de commissie, genomen krachtens de haar bij artikel 18a en 18b van de Wet op de Parlementaire Enqute verleende bevoegdheid, geheim dienen te worden gehouden, maken geen deel uit van dit archief. De commissie bepaalt waar deze geheime stukken worden bewaard en gedurende welke periode zij geheim zullen zijn.
Zoals hierboven vermeld, werden ingevolge het veiligheidsplan alle stukken onderverdeeld in de categorien geheim, intern en openbaar. De commissie besloot alle stukken die als openbaar zijn geclassificeerd, ook na afloop van het onderzoek openbaar te maken. Hetzelfde geldt voor de meeste stukken die als intern zijn bestempeld. Het archief van de commissie, in het bijzonder het archief van de onderzoeksgroep-Fijnaut, bevat stukken die, gezien de inhoud ervan, als geheim zijn geclassificeerd en die na afloop van het onderzoek ook geheim dienen te worden gehouden.
Artikel 18b van de Wet op de Parlementaire Enqute biedt de commissie een mogelijkheid daartoe. Dit artikel bepaalt dat de commissie om gewichtige redenen in verband met de bescherming van de in artikel 3, eerste lid, genoemde personen of van een belang, bedoeld in artikel 18, kan besluiten aan haar overlegde bescheiden of gedeelten daarvan niet openbaar te maken. Voorzover deze geheime stukken deel uitmaken van het onderzoeksverslag van de commissie, worden deze ter inzage of anderszins ter kennisneming gelegd van de leden van de Kamer, die omtrent de inhoud van die stukken geheimhouding moeten bewaren. In een beperkt aantal gevallen heeft de commissie afspraken gemaakt met afzenders om de toegezonden documenten na afloop van het onderzoek terug te zenden.