De commissie heeft systematisch onderzoek gedaan naar het gebruik van opsporingsmethoden. De basis van dit onderzoek ligt in de vragen die de Werkgroep vooronderzoek opsporingsmethoden hierover gesteld heeft. In de volgende hoofdstukken wordt weergegeven hoe opsporingsmethoden in Nederland worden ingezet. De commissie hanteert daarbij het onderscheid tussen observatie, informanten runnen, infiltratie en overige opsporingsmethoden. De commissie besteedt per methode aandacht aan de regelgeving en de jurisprudentie, het feitelijk gebruik, de sturing en controle van het gebruik door het OM en de verslaglegging. Afsluitend wordt bij een aantal methoden aandacht besteed aan de corruptiegevoeligheid hiervan. Noot De inzet van methoden waarbij veelvuldig contact wordt onderhouden met criminele derden levert corruptierisico's op. Dit is het geval bij het runnen van informanten, infiltratie, gecontroleerde aflevering en het doorlaten van drugs. In de hoofdstukken over informanten en infiltranten wordt hierop nader ingegaan. De commissie heeft veel onderzoeken naar criminele organisaties aangetroffen waarbij sprake was van de inzet van een combinatie van methoden. Een omvangrijk onderzoek naar een criminele organisatie betekent al snel de inzet van verschillende methoden tegelijkertijd. Naast een tactisch onderzoek met specifieke methoden ten aanzien van verdachten loopt dan ook een zogenaamd pro-actief onderzoek dat zich concentreert op andere personen. Zo gaat een methode als politie-infiltratie vrijwel altijd gepaard met observatie. Ook bestaat gecontroleerde aflevering niet zonder observatie. Inkijkoperaties gaan vaak samen met gecontroleerde afleveringen. Het plaatsen van peilzenders zonder volgen heeft geen zin. De commissie realiseert zich derhalve terdege dat een aparte bespreking van methoden, zoals hier voor gekozen is, vaak geweld doet aan de praktijk. Gezien het feit dat het hier gaat om duidelijk te onderscheiden opsporingsmethoden, is gekozen voor een aparte bespreking en beoordeling.
Om een beeld te krijgen van de inzet van opsporingsmethoden heeft de commissie in alle politieregio's en arrondissementen gesprekken gevoerd en documenten opgevraagd. Het onderzoek door de commissie en haar staf leverde veel nieuwe gegevens over het gebruik op. Noot Hiernaast is ook gebruik gemaakt van de inventarisatie van gehanteerde opsporingsmethoden (de doorlichting) die op last van de minister van Justitie begin 1995 door de parketten is opgesteld (zie hoofdstuk 9). Op straffe van het stopzetten van de zaak dienden politie en justitie een overzicht te leveren van de gebruikte methoden. Deze doorlichting heeft veel (ongestructureerde) gegevens opgeleverd. Het ministerie van Justitie heeft geen samenvattend overzicht van deze gegevens gemaakt. De commissie heeft gemeend in haar rapportages de gegevens die voortkomen uit deze doorlichting te moeten verwerken. Daarnaast geven de beslissingen van de Centrale toetsingscommissie ( CTC) een beeld van opsporingsmethoden in Nederland. Ook deze gegevens zijn verwerkt in de rapportages. De commissie heeft casusonderzoek gedaan naar enkele bijzondere zaken en methoden naast het onderzoek naar de Delta-methode. Het gaat om een casus of voorbeelden van opsporing en vervolging waarin de vraagpunten van de commissie expliciet naar voren komen. De commissie besteedt specifieke aandacht aan een aantal omvangrijke casussen, te weten de zaken Charles Z., Henk R., TCR/TCA, Laundry, Ramola en AH Oosterbeek, alsmede het Copa-onderzoek. Tenslotte is de informatie die uit de openbare verhoren kwam verwerkt in deze rapportage. In deze verhoren zijn de verschillende opsporingsmethoden uitgebreid aan de orde geweest. De commissie moest daarbij steeds laveren tussen de wens om lopende onderzoeken niet te openbaren of personen niet in gevaar te brengen en de noodzaak om in de openbaarheid de gebruikte opsporingsmethoden te kunnen duiden. De commissie heeft getracht steeds een evenwicht te vinden tussen deze potentieel conflicterende belangen. Het volgende citaat toont het dilemma waarmee zowel de commissie als de getuigen worstelden: