Tijdens de openbare verhoren kwamen zoveel nieuwe feiten over de door het voormalig interregionaal rechercheteam Noord-Holland/Utrecht gehanteerde methode, de gecontroleerde doorlevering van drugs (de Deltamethode), aan het licht, dat de commissie tot de overtuiging kwam dat zij over de geheime gedeelten van het rapport van de commissie-Wierenga diende te beschikken om tot een verantwoorde eindrapportage te kunnen komen. Op basis van artikel 3 van de Wet op de Parlementaire Enqute en van de afspraken met de ministers van Justitie en Binnenlandse Zaken over de behandeling van gevoelige informatie Noot , verzocht de commissie op 2 oktober 1995 beide bewindspersonen om toezending van het complete geheime deel van de rapportage van de commissie-Wierenga. Het geheime deel van die rapportage bestaat uit de aanbiedingsbrief van 24 maart 1994, delen van de processen-verbaal van de verklaringen van 27 personen, afgelegd ten overstaan van de commissie-Wierenga, en twee processen-verbaal van bevindingen. Op 6 oktober 1995 vernam de commissie van beide ministers dat kennisneming van de stukken alleen kon geschieden na ondertekening van een geheimhoudingsverklaring door de commissie. De commissie kon daar niet op ingaan, aangezien dat zou betekenen dat die gedeelten niet bij haar openbare rapportage betrokken zouden kunnen worden. Het intensieve overleg dat hierop volgde, leidde op 20 oktober tot de toezending van een gedeelte van het geheime deel van bedoelde rapportage, te weten de aanbiedingsbrief en een proces-verbaal van bevindingen van 23 februari 1994 van commissaris van politie H. Jansen. Op diezelfde dag verzocht de commissie de ministers de ontbrekende gedeelten van het geheime deel, dan wel een afschrift daarvan, aan haar ter hand te stellen.
Op 25 oktober meldden de ministers andermaal dat het niet mogelijk was de geheime verklaringen te overleggen voordat de betrokkenen daarvoor toestemming hadden gegeven. Dit zou in strijd zijn met de toezeggingen die de commissie-Wierenga toentertijd had gedaan. Ondertussen was gebleken dat 16 van de 27 betrokkenen toestemming hadden gegeven.
Op 3 november deed de commissie een nieuw voorstel aan de ministers: zij zou volstaan met het recht op inzage in alle onderdelen van het geheime deel zonder het tekenen van een geheimhoudingsverklaring, onder de toezegging niet uit de verklaringen van betrokkenen te citeren dan na overleg met hen. De ministers gaven bij brief van 3 november 1995 te kennen niet in staat te zijn op dit voorstel in te gaan. Op 4 november verzocht de commissie de ministers haar mee te delen of zij voornemens waren het belang van de staat in te roepen om de gevraagde inzage te weigeren. De bewindspersonen lieten op 6 november weten dat het hen niet vrijstond dit verzoek in te willigen, omdat een dergelijk beroep, overeenkomstig de aanwijzing van de minister-president, eerst in de Raad van Ministers diende te worden besproken, hetgeen op vrijdag 10 november zou geschieden.
Op 7 november 1995 stelde de commissie de Kamer op de hoogte van deze ontwikkelingen en kondigde zij aan dat zij na ommekomst van het besluit van de Raad van Ministers zou beslissen of het noodzakelijk was een oordeel van de Kamer te vragen Noot .
Op vrijdag 10 november vond overleg plaats tussen de voorzitter en de ondervoorzitter van de commissie, de minister-president en de twee betrokken ministers. Daar werd overeenstemming bereikt over de wijze waarop de commissie inzage kon krijgen in de nog ontbrekende geheime gedeelten van het rapport van de commissie-Wierenga. Het volgende werd overeengekomen:
1. De (elf) verklaringen uit het geheime gedeelte van de rapportage van de commissie-Wierenga, waarvan de
betrokken getuigen hadden medegedeeld de handhaving van die geheimhouding zeer op prijs te stellen,
zouden ter inzage worden gegeven aan de enqutecommissie. Ten aanzien van deze verklaringen zou,
evenals dat met de verklaringen van de 16 getuigen die geen bezwaar hadden tegen overlegging aan de
commissie, de zogenaamde viltstift-methode worden toegepast. Noot
2. De enqutecommissie zou niet citeren uit de betrokken verklaringen of delen daarvan openbaar maken dan
in overleg met de ministers van Justitie en Binnenlandse Zaken.
De commissie is van oordeel dat met deze afspraken recht is gedaan aan zowel het belang van de overheid om
haar beloften gestand te doen als het belang van de commissie om alle informatie te kunnen gebruiken bij
haar onderzoek.