Voordat de commissie de specifieke conclusies van haar onderzoek geeft, wil zij een aantal meer algemene conclusies trekken. De commissie is van oordeel dat sprake is van een crisis in de opsporing. Deze crisis in de opsporing kent drie elementen: ontbrekende normen, een niet goed functionerende organisatie en problemen in de gezagsverhoudingen.
In de eerste plaats constateert de commissie dat sprake is van een normeringscrisis. Het ontbreekt aan een adequate normstelling voor het optreden van politie en justitie tegen de georganiseerde criminaliteit. Er is naar het oordeel van de commissie in de eerste plaats door wetgever maar ook door de rechter te veel ruimte gelaten voor politie en justitie. Niemand weet precies waar men aan toe is bij het gebruik van opsporingsmethoden. Dit gebrek aan normstelling heeft ertoe kunnen leiden dat in Nederland op heel verschillende wijzen opsporingsmethoden worden ingezet.
Politie en justitie hebben langere tijd opsporingsmethoden kunnen gebruiken zonder dat een adequate normstelling aanwezig was. De commissie heeft in verschillende gevallen verwarring aangetroffen bij politie en justitie over de de toepassing van opsporingsmethoden. Wat mag wel en wat mag niet? Wie is verantwoordelijk binnen de rechtsstaat en wie niet? Bij opsporing is in toenemende mate sprake van een rechtersstaat. De jurisprudentie bepaalt voor een te groot gedeelte de normen van de opsporing. Normering vooraf, een fundamentele eis in de rechtsstaat, is te lang achterwege gebleven.
In de tweede plaats is er sprake van een organisatiecrisis. Er is een bijzonder groot aantal afzonderlijke organisaties betrokken bij de opsporing. Gebrekkige cordinatie levert veel problemen op. Organisaties werken vaak niet met elkaar samen, maar werken elkaar eerder tegen. Vastlegging van activiteiten heeft veelal onvoldoende plaats.
De organisatiecrisis manifesteert zich naar het oordeel van de commissie vooral in onduidelijke besluitvorming
over wie nu waarvoor daadwerkelijk verantwoordelijk is. De bevoegdheden en verantwoordelijkheden van vele
betrokkenen zijn diffuus. De commissie is van oordeel dat dringend behoefte bestaat aan meer duidelijkheid
over wie de verantwoordelijkheid dragen voor de opsporing in Nederland. Daarbij benadrukt de commissie dat
het verwijzen naar de wettelijke structuur, met de toespitsing op de officier van justitie, te eenvoudig is. De
praktijk van de opsporing toont immers dat de feitelijke verantwoordelijkheid gespreid is over vele
functionarissen. Opheldering en wellicht vereenvoudiging is noodzakelijk.
In de derde plaats heerst een gezagscrisis. Het gezag over de opsporing staat ter discussie. Het gezag van het
OM over de politie, voorzover het de strafrechtelijke handhaving van de rechtsorde betreft, is weliswaar terug te
voeren tot een expliciete wettelijke opdracht van bevoegd gezag over de politie, maar is daarmee in de praktijk
van de opsporing nog niet vanzelfsprekend. Veel officieren van justitie kost het grote moeite hun gezag
daadwerkelijk te laten gelden. Hun gezag is meer een afgeleide van de preponderante positie van de politie.
Daarbij komt dat de commissie heeft moeten constateren dat over de wijze en de inhoud van de
gezagsuitoefening door het OM zeer verschillende meningen bestaan, ook binnen het OM zelf. Over gezag
dient niet te veel te worden gediscussieerd. Maar de gezagsconceptie voor en van het OM varieert nog altijd
van de super-rechercheur die dag en nacht boven op de zaak zit tot sturing op (grote) afstand. Bovendien
bestaan bij het OM sterk uiteenlopende opvattingen over de normering van de opsporingsmethoden, op zijn
minst varirend van rekkelijken tot preciezen.
De gezagscrisis is versterkt door onduidelijkheden in de relatie tussen gezag en beheer, en door de daarmee samenhangende bestuurlijke lijdelijkheid met betrekking tot de opsporing. De complexe verhouding tot de beheersverantwoordelijkheid maakt de gezagscrisis des te moeilijker op te lossen. Het OM heeft teveel hooi op zijn vork genomen door een algemene regierol in de rechtshandhaving op te eisen. Het OM dient zich in de eerste plaats te concentreren op zijn kerntaken: strafzaken en het gezag over de politie, zoals ook verwoord in het Plan van Aanpak.
De gezagscrisis doet zich niet in heel Nederland even sterk voor. Zij heeft zich vooral in het ressort Amsterdam gemanifesteerd, maar is ook elders zichtbaar. De onderlinge verhoudingen tussen functionarissen en organisaties in de opsporing zijn soms slecht. In een aantal gevallen zijn de persoonlijke verhoudingen tussen politie en justitie op zo verstoord dat van een werkbare situatie geen sprake meer kan zijn. De commissie acht het noodzakelijk dat gezag wordt uitgeoefend. Zij stelt daarbij vast dat de verstoring van persoonlijke verhoudingen niet synoniem is met een gezagscrisis, maar veeleer die gezagscrisis op een schrille wijze demonstreert.
De crisis in de opsporing gaat diep. Zij raakt de legitimiteit van de rechtshandhaving. Het gaat om ernstige problemen binnen een essentieel deel van de democratische rechtsstaat. De beginselen van de democratische rechtsstaat zijn geen boekenwijsheid maar vormen de grondslag voor een levende rechtsstaat die geen ongetoetst, beter nog ongecontroleerd domein in de rechtshandhaving en opsporing duldt. Een vrij politiebedrijf is ongepast.
De verschillende machten in de staat dienen hun verantwoordelijkheid te nemen. De wetgever dient het gebruik en de organisatie van de opsporingsmethoden te normeren. De uitvoerende macht dient op te sporen en te vervolgen volgens de normen van de wetgever. De rechterlijke macht dient de toepassing van het gebruik van de methoden aan deze normen te toetsen. De balans tussen de machten laat niet toe dat de rechtsstaat zich tot een rechtersstaat ontwikkelt. Zo'n ontwikkeling zou afbreuk doen aan het vertrouwen in de democratische rechtsstaat waarin regering en parlement de belangrijkste regels stellen. De opvattingen over gezag en verantwoordelijkheden bij justitie, bestuur en politie dienen eenduidig te zijn. Dit geldt voor de werkelijke uitoefening van het gezag over de politie. Maar het geldt evenzeer voor de mogelijkheden voor de politie om haar professionele verantwoordelijkheid te dragen, en over haar handelen verantwoording af te leggen. Gezag over de opsporing moet uitgeoefend worden, verantwoordelijkheid voor de opsporing moet actief worden genomen. Alle betrokkenen bij de opsporing, zowel in gezags- als uitvoerende posities, dienen zich hiernaar te gedragen. Herstel van de verhoudingen vraagt kracht van het bevoegd gezag en de bereidheid van de politie zich in ondergeschiktheid te voegen.
Bij deze crisis in de opsporing gaat het niet om een probleem dat met enkele resolute maatregelen op korte termijn kan worden opgelost. Noodzakelijk is een herziening van het functioneren van de opsporing, zodat ook voor de langere termijn oplossingen tot stand komen. Een complexe crisis leent zich niet voor eenvoudige oplossingen.